抗戰(zhàn)勝利,為加緊復員建設工作并根據(jù)國民政府行政院關于簡化機構、促進效率的訓令，農(nóng)林部于1945年11月將部屬西康獸疫防治處、東南獸疫防治站、貴州湄潭獸疫防治大隊合并，改組為西南獸疫防治處。

1943年，農(nóng)林部在廣西桂林設立部屬第三獸疫防治總站，負湘、桂、贛、粵四省邊區(qū)獸疫防治之責。次年春將該站改組為東南獸疫防治站、主任陳禮廷。同年，由于桂林棄守，東南獸疫防治站退處湄潭。

1943年2月27日，農(nóng)林部將部屬中央畜牧實驗所川黔湘鄂四省邊區(qū)獸疫防治總站改組為第一獸疫防治站，并附設血清制造廠。主任仍由原四省邊區(qū)獸疫防治站主任吳賡榮擔任。次年春又將第一獸疫防治站改組為貴州湄潭獸疫防治大隊。1944年將貴州湄潭獸疫防治大隊獸醫(yī)人員并入東南獸疫防治隊，將血清制造廠改隸中央畜牧實驗所。次年重行恢復貴州湄潭獸疫防治大隊。1945年9月23日，奉部令，貴州湄潭獸疫防治大隊接收了已被裁撤的部轄國營第二耕牛繁殖場的大部物資及全部檔案。

第二耕牛繁殖場于1941年4月成立，場址湄潭，場長陳乙樞。該場專事耕牛的繁殖改良、牧養(yǎng)辦法的試驗，飼料作物及牧草的栽培試驗、民間耕牛的配種改良、辦理耕牛委托寄養(yǎng)及貸款養(yǎng)牛等。

西南獸疫防治處初直隸于農(nóng)林部，1949年5月后改隸經(jīng)濟部。該處防治區(qū)域為貴州、四川、云南、湖南、廣西五省，其職掌為區(qū)域內獸疫調查及防治，制造獸疫血清菌苗，訓練獸疫人員等。內設總務組、技術組、設計考核委員會、附設血清菌苗制造廠，下轄昆明、南川（1947年4月遷長沙并改長沙名）、貴陽（1946年夏遷獨山并改獨山名，1947年4月又由獨山遷桂林并改桂林名）等獸醫(yī)工作站。該處處所原在湄潭，1947年2月3日，奉部令遷到貴陽辦公。處長谷延庥。

館藏西南獸疫防治處全宗的案卷含有第二耕牛繁殖場，川黔湘鄂四省邊區(qū)獸疫防治總站、東南獸疫防治站及西南獸疫防治處四單位形成的檔案，共213卷，檔案形成于1941年4月至1949年11月，于1963年進館，主要內容如下：

農(nóng)林部頒籌設國營耕牛繁殖場計劃綱要、組織規(guī)程及委托寄養(yǎng)耕牛、獎勵耕牛繁殖、貸款繁殖耕牛、出租耕牛、耕牛配種等規(guī)章制度。繁殖場場務會議記錄、紀要，工作簡報、月報、年終總結及部的指令、訓令等。牧草引種試驗報告。民間耕牛及獸疫調查報告。組織耕牛保育社有關材料。為民牛配種情況報告、統(tǒng)計表。舉辦耕牛比賽有關材料。

川黔湘鄂四省邊區(qū)獸疫防治總站關于四省疫情及施治報告。各分站、分隊人員名冊、工作報告及總站的訓令等。

東南獸疫防治站轄區(qū)域內疫情及施治報告。該站與中國農(nóng)民銀行、中國農(nóng)業(yè)保險公司、貴州省農(nóng)業(yè)改進所在獨山創(chuàng)辦耕牛貸款保險的有關材料。各地耕牛保健會有關材料。 ? ?西南獸疫防治處組織條例。工作簡報、月報、計劃、總結及部的指令、訓令等。續(xù)辦獨山耕牛貸款保險及新辦遵義、湄潭兩地耕牛貸款保險的有關材料。建造血清制造廠有關材料。生物藥品制造、請領、價購有關材料。防治處及各站工作人員名冊、履歷表。處及處內部機構、下屬機構成立、合并、遷址、更名等的訓令。處歷年經(jīng)費預算、結算等。